A Companhia de Abastecimento possui a maior rede pública de armazéns, silos (grandes depósitos, em forma de cilindro, para guardar produtos agrícolas) e graneleiros (locais que recebem ou abrigam mercadorias a granel) do Estado de São Paulo e uma das maiores do Brasil. O Entreposto paulista possui 18 unidades próprias interligadas à malha ferroviária, todas de fácil acesso e instaladas próximas das áreas de produção e escoamento.

Juntas, elas têm uma capacidade estática de armazenamento de aproximadamente de 1,2 milhão de toneladas. Os grãos (milho, trigo, feijão, sorgo, café etc.) armazenados são avaliados por amostragem, com verificação de teores de umidade e impurezas na entrada do armazém para possibilitar direcionamento para processamento de secagem, limpeza ou armazenamento direto.

Outro fator importante é que desde maio de 2009, o Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento (Mapa) tornou obrigatória a certificação do sistema de armazenagem de grãos. O objetivo é reduzir o índice de perdas, que pode chegar algo em torno de 10% de grãos como trigo, soja, milho e arroz, que se perdem na logística e no armazenamento inadequado. Por isso, o Instituto de Pesos e Medidas do Estado de São Paulo (Ipem-SP), autarquia vinculada à Secretaria da Justiça, o certificou, em 2010, o sistema de armazenagem de grãos da CEAGESP. E para celebrar na Companhia de Abastecimento de São Paulo, o Entreposto paulista possui o Festival Gastronômico de Camarão e Massas. O objetivo é poder mostrar a estrutura de armazenamento de produtos agrícolas oferecida pela CEAGESP, o que inclui trigo, matéria prima para a produção de massas e pães. O evento acontece entre os meses de março e abril.